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SINGEK forma una nueva generación de expertos en genómica de células individuales

Ha finalizado SINGEK, proyecto coordinado por el Institut de Ciències del Mar, que tenía como objetivo formar a jóvenes investigadores en la aplicación de la genómica de células individuales para el estudio de la ecología y la evolución de microorganismos eucariotas. Esta emergente metodología tiene también aplicaciones en la biotecnología y la biomedicina.

Equipo científico de SINGEK.

Existe una gran diversidad de microorganismos marinos, pero la gran mayoría siguen siendo grandes desconocidos, pues no se conocen ni sus patrones ecológicos ni evolutivos. Esta información se puede descifrar a partir de su contenido genético, pero hasta ahora obtener el genoma de microorganismos marinos era extremadamente difícil por la dificultad de cultivar la mayoría de las especies en laboratorio.

La situación ha cambiado con la aparición reciente de la genómica de células individuales, una nueva metodología que permite aislar las células de forma individual y decodificar su genoma. Permite responder a preguntas que antes ni siquiera se podían plantear, porque se carecía de la tecnología para abordarlas.

Consciente de las posibilidades de esta metodología, el investigador Ramon Massana, del Institut de Ciències del Mar (ICM-CSIC), empezó a construir hace poco más de cuatro años SINGEK, una red de formación Marie-Skłodowska-Curie para explorar este nuevo campo. La red se ha enmarcado en el Programa Marco H2020 de la UE y ha estado dotada con 3,9 millones de euros, destinados a formar a una nueva generación de investigadores.

Formación y aplicaciones en ecología, biotecnología y biomedicina

"La información obtenida por la genómica de células individuales es clave para la investigación futura en diversas disciplinas. En los campos de la ecología y la evolución, servirá para completar el árbol de la vida eucariota, para desvelar interacciones y para investigar el potencial ecológico de las especies desconocidas”, explican los responsables de SINGEK.

También, en biotecnología permitirá decodificar genes prometedores en especies no cultivadas y vincular compuestos extraídos de muestras naturales con los microbios responsables de su síntesis. Finalmente, en biomedicina permitirá comprender mejor la función de células individuales y detectar las células iniciadoras del cáncer.

Sin embargo, dado que se trata de una metodología reciente no hay muchos especialistas en su uso. Es lo que ha hecho SINGEK, que ha reunido a un grupo de jóvenes investigadores en el inicio de su carrera para convertirlos en especialistas de genómica de células individuales.

"La coordinación de la red SINGEK fue ardua en algunos momentos, pero hemos conseguido implementar con éxito la propuesta inicial del proyecto. Después de más de cuatro intensos años, me siento muy feliz de haber logrado asegurar el progreso y el éxito del proyecto en global", celebra Massana, el coordinador de la red.

Por su parte, la también investigadora del ICM y gestora del proyecto, Elena Torrecilla, asegura que "participar en el proyecto ha sido una oportunidad más que enriquecedora". Torrecilla ha coordinado el consorcio internacional de SINGEK, formado por quince equipos de investigación de cuatro universidades, siete organismos de investigación y una empresa.

Según Torrecilla, “el contacto regular establecido con los investigadores a través de las reuniones del proyecto, las estancias de investigación, las actividades de divulgación y los cursos de formación han sido clave para crear una red de colaboración exitosa y también para ver el progreso de los jóvenes investigadores como comunicadores científicos en diferentes formatos y ante diferentes audiencias”.

Gracias a SINGEK se han formado cinco doctorandos ya graduados y ocho que se graduarán el próximo año. Se han publicado 25 artículos académicos en los que estos jóvenes investigadores figuran como coautores y hay 25 más en preparación.  En esta lista de publicaciones se incluye un número especial titulado "Single Cell Ecology" que aglutina las presentaciones de un congreso internacional organizado por el consorcio SINGEK y publicado en la revista Philosophical Transactions of the Royal Society B.

"Este programa de formación me ha permitido trabajar en un entorno multidisciplinar. Definitivamente, ha sido una experiencia educativa a la vez que desafiante y gratificante", expone Aurelie Labarre, joven investigadora que ha participado en el proyecto. "El carácter ecléctico de esta experiencia me ha ayudado a desarrollar mi propio proyecto de investigación con mucha autonomía".

El proyecto ha cubierto una serie de aspectos que tendrán un gran impacto a largo plazo. "Ahora hago balance y veo lo que SINGEK ha logrado. Toda una generación de jóvenes científicos preparados para explotar plenamente el potencial de la genómica de células individuales", destaca Massana.

"En el marco de este proyecto, se han publicado resultados innovadores que nos permitirán conocer mejor la diversidad, función y evolución de los microorganismos eucariotas que no se habían podido cultivar y, por lo tanto, estudiar en detalle en el laboratorio, lo que nos ayudará a comprender mejor su papel en el ecosistema y a perfeccionar el árbol eucariota de la vida", concluye el coordinador de SINGEK.